Debido a la violencia de la persecución de Decio, la sede pontifical de Roma estuvo vacante por más de doce meses después del martirio del Papa San Fabián, hasta que el sacerdote Cornelio fue elegido Papa. Sin embargo, los primeros problemas del nuevo Papa surgieron no tanto del poder secular como de las disensiones internas, a pesar de que éstas se derivaban de la misma persecución.

La persecución contra los cristianos se intensificó de nuevo, y el Papa fue desterrado a Centumcellae. San Cipriano, Obispo de Cartago y que tenía una profunda amistad con el Papa, le escribió una carta congratulatoria por haber podido gozar de la felicidad de sufrir por Cristo y por la gloria de su Iglesia, ya que ni uno sólo de sus cristianos había renegado de su fe. El santo Papa sufrió muchas penurias, fatigas y sufrimientos en su destierro para luego ser decapitado. La amistad de San Cipriano fue el gran apoyo del Papa San Cornelio como Supremo Pontífice y como defensor de la Iglesia contra el rigorismo de Novaciano, y la estrecha asociación entre ambos se ha reconocido, desde entonces, como muy valiosa.